Το όνομα Επίδαυρος της δόθηκε από τον τρίτο κατά σειρά άρχοντά της, που ήταν και ήρωας της Επιδαύρου, τον Επίδαυρο, γιο του Άργους και της Ευάδνης. Σύμφωνα με τονΌμηρο πήρε ο Επίδαυρος μέρος στον Τρωικό Πόλεμο και είχε ως αρχηγούς τον Ποδαλείριο και το Μαχάονα, που ήταν γιοι του Ασκληπιού. Η Επίδαυρος πήρε μέρος στουςΜηδικούς Πολέμους και υπήρξε σύμμαχος των Σπαρτιατών στον Πελοποννησιακό Πόλεμο. Σημειώνεται μάλιστα και ο Επιδαύριος Πόλεμος, που έγινε μεταξύ αυτών και τωνΑργείων συμμάχων των Αθηναίων. Γίνεται μέλος της Αχαϊκής Συμπολιτείας το 243 π.Χ.
Ξακουστή σ' όλη την Ελλάδα την έκανε το Ασκληπιείο της, ένα από τα σπουδαιότερα της αρχαιότητας, με το ιερό του Ασκληπιού που απέχει 15 περίπου χλμ. από την πόλη. Στους ίδιους περίπου χώρους λάτρευαν και τον Απόλλωνα, υπήρχε όμως προς τιμή του ιδιαίτερο ιερό λίγο πιο ψηλά από το αρχαίο θέατρο. Από τα τέλη του ε' αιώνα και αρχές του δ', ο Ασκληπιός γίνεται ο πραγματικός κύριος της πόλης.
Ο Ασκληπιός λατρευόταν στην αρχή ως ήρωας και όχι ως θεός και η λατρεία του είχε πολλά ηρωικά στοιχεία. Αυτό αποδεικνύεται από τα παλιότερα ερείπια, όπου δεσπόζει ο λαβύρινθος, ένα υπόγειο κτίσμα, στο οποίο, για να φτάσεις στο κέντρο του, είσαι υποχρεωμένος να περάσεις από όλους τους διαδρόμους του. Ο λαβύρινθος χρησιμοποιούνταν για τις θυσίες που γίνονταν στο θεό. Αλλά ακριβώς από την κατασκευή του, συμπεραίνουμε ότι οι θυσίες αυτές ήταν μυστικές, όμοιες μ' αυτές που γίνονταν για τους νεκρούς. Άρα ο Ασκληπιός ήταν στη συνείδηση των ανθρώπων θνητός στην αρχή και όχι θεός.
Τη λατρεία του την συνοδεύει πάντα ο ιερός όφις. Το ηρωικό στοιχείο που χαρακτήριζε τη λατρεία του Ασκληπιού, με την πάροδο του χρόνου, μετατρέπεται σε θρησκεία προς τιμή του και η Επίδαυρος γεμίζει, στις αρχές του Δ' αιώνα, με μεγαλοπρεπή μνημεία. Μεταξύ αυτών ξεχωρίζει και ο μεγαλοπρεπής ναός μέσα στον οποίο φυλάγεται το χρυσελεφάντινο άγαλμα του θεού πια Ασκληπιού.