Με την καταστροφή του γαλλικού στόλου στο Αμπουκίρ, Β.Α της
Αλεξάνδρειας, από τον Άγγλο στόλαρχο Νέλσωνα, η θέση της Γαλλίας
κλονίζεται. Ο Βοναπάρτης βρίσκεται ήδη αποκλεισμένος από τις αγγλικές
δυνάμεις στην Αίγυπτο. Στο μεταξύ κηρύσσεται ο πόλεμος της Τουρκίας και
της Ρωσίας κατά της Γαλλίας. Ρωσικός και τουρκικός στόλος με αρκετά
ισχυρή στρατιωτική δύναμη, πλέει στα νερά του Ιονίου Πελάγους.
Αφού κατέλαβαν τα προ της Κέρκυρας νησιά, τα πρώτα πλοία τους
αγκυροβόλησαν στα Κερκυραϊκά νερά στις 5 Νοεμβρίου 1798. Οι Γάλλοι
αρνήθηκαν να παραδοθούν. Στις 19 με 20 Νοεμβρίου, έφθασε και ο υπόλοιπος
συμμαχικός στόλος, έκανε απόβαση, κατέλαβαν τα περίχωρα και η πολιορκία
άρχισε ασφυκτική. Οι Γάλλοι είχαν να αντιμετωπίσουν συγχρόνως και την
εχθρική στάση των ντόπιων. Εγιναν σκληρές μάχες. Τέλος στις 21
Φεβρουαρίου / 3 Μαρτίου 1799 η Γαλλική φρουρά παραδόθηκε.
Το
πρωτόκολλο υπογράφεται από τους ναυάρχους Ουσακώφ και Κατήρ Μπέη στην
ρωσική ναυαρχίδα, Άγιος Παύλος. Ο Ουσακώφ γίνεται κύριος της Κέρκυρας,
αποκατέστησε την τάξη των ευγενών, επέτρεψε την εγγραφή νέων μελών,
στους οποίους δόθηκε η λεγόμενη συνταγματική ευγένεια και διόρισε
προσωρινή Κυβέρνηση. Στις 24 Απριλίου 1799 κάνει γνωστό ότι συνενώνει
όλα τα νησιά του Ιονίου σε μια Ελληνική και ανεξάρτητη πολιτεία με δική
της κυβέρνηση και πρωτεύουσα την Κέρκυρα. Έτσι δημιουργήθηκε το πρώτο
ανεξάρτητο Ελληνικό Κράτος με το όνομα Επτάνησος Πολιτεία.